» Organizado por: INSTITUTO NACIONAL DE INNOVACIÓN AGRARIA (INIA)
» ¿Tiene costo?: El ingreso es libre
» Modalidad: Presencial
» Lugar: Instituto Nacional de Innovación Agraria - INIA, Av. La Molina 1981 - La Molina LIma, Lima 12 Lima
» Fecha y hora del evento: Del 16 al 27 de Octubre de 2017
HORA:
• 09:00 am -12:30 pm teoría
• 1:30 pm - 4:30 pm práctica
» Consultas: En caso tenga duda o consulta puede contactarse con la institución al teléfono 924157689 o al correo:
[email protected]
RESEÑA DE LA ACTIVIDAD
El Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA) desarrolla trabajos de investigación en café, entre otros cultivos de interés para nuestro país, con la finalidad de incrementar la producción agrícola y beneficiar económicamente al productor peruano. Para esto, sus investigadores vienen empleando con mayor frecuencia técnicas basadas en el análisis del DNA. Este abordaje metodológico contempla el estudio del contenido genético de los microorganismos y/o sus relaciones con otros animales, plantas e inclusive el medio ambiente. La transición del secuenciamento de genes o pequeñas regiones de un genoma a la Secuenciación de genomas o comunidades microbianas completas gracias al surgimiento de secuenciadores de nueva generación, está convirtiendo esta actividad más accesible y rutinaria. Bajo este escenario, la bioinformática tiene un papel esencial explorando, organizando y descifrando los datos generados por las tecnologías de alto rendimiento relacionados a los proyectos genoma.
OBJETIVO
Proveer a los investigadores del INIA, interesados en esta área o que deseen proponer nuevos proyectos basados en el estudio del DNA, conceptos fundamentales de genómica y bioinformática, presentando las herramientas necesarias para los análisis de datos generados por las tecnologías NGS (Next-Generation Sequencing), así como representar e interpretar los datos resultantes.
ORGANIZA
Dirección de Desarrollo Tecnológico Agrario DDTA- INIA La Molina.
Proyecto 115_PI: “Desarrollo de una tecnología no transgénica de mejoramiento genético del café (Coffea arábica L.) basada en el uso de un vector derivado de un virus (1ra.Parte)” - Centro Experimental La Molina.
DIRIGIDO A:
Investigadores de las diferentes EEA del INIA, especialistas en microbiología molecular y mejoramiento genético aplicados a la agricultura.
EXPOSITOR:
Dr. Michel Francisco Abanto Marín. Scientific and Technological Bioresource Nucleus. Universidad de La Frontera (BIOREN-UFRO), Temuco, Chile.
CONTENIDO PROGRAMÁTICO:
» Lunes 16 de octubre del 2017
Inscripción de participantes
Auditorio central del INIA
Inauguración del curso: palabras del Jefe del INIA Dr. Miguel Ángel Barandiarán Gamarra
• Teoría:
Introducción a conceptos en Genómica y Metagenómica microbiana. Caracterización de genomas, estructura y organización.
Secuenciación de nueva generación o NGS (Next-Generation Sequencing). Fundamentos. Aplicaciones. Formatos de archivos y herramientas bioinformáticas para análisis NGS.
• Práctica:
Introducción al Linux.
Uso del terminal, comandos básicos e instalación de programas.
Formatos de archivos usados en genómica.
» Martes 17 de octubre del 2017
• Teoría:
Mapeo y ensamblaje de genomas microbianos.
Anotación genómica manual y automática.
• Práctica:
Formatos de archivos usados en genómica
Preprocesamiento de reads: Uso de Fastqc, Trimmomatic y Prinseq.
» Miércoles 18 de octubre del 2017
• Teoría:
Comparación de genomas microbianos I: Evolución genómica, filogenómica y taxonomía genómica.
• Práctica:
Ensamblaje de genomas: SPAdes y A5-Miseq.
Comparación de ensamblajes: QUAST
Gaps closing: del genoma draft al genoma cerrado: Mauve, UGENE.
Gap closing in silico: image,
Depósito de genomas al GenBank, obtención del Accession Number. Otros bancos de depósito: SRA, ENA.
» Jueves 19 de octubre del 2017
• Teoría:
Comparación de genomas microbianos II: Pangenoma, genoma core y genoma accesorio.
• Práctica:
Anotación funcional de genomas microbianos: RAST y PROKKA.
Exploración, visualización y edición de características genómicas: UGENE, Artemis, DNAplotter.
» Viernes 20 de octubre del 2017
• Teoría:
Comparación de genomas microbianos III: Transferencia horizontal de genes.
• Práctica:
Búsqueda de elementos genéticos móviles: phiSpy, PHASTt, IslandViewer.
EasyFig, ACT.
Filogenómica: Harvest suite - parsnp, gingr & harvestools
BLAST por línea de comando, blast parser. SeaView.
UGENE, MAUVE, BRIG.
Contenido genómico diferencial, construcción de matrices de presencia y ausencia de genes (LS-BSR).
» Lunes 23 de octubre del 2017
• Teoría:
Metagenómica: Explorando la diversidad microbiana. Fundamentos y análisis.
Diversidad genética: ¿Quién(es) está(n) allí? 16S, 18S, ITS y amplicones en general.
• Práctica:
Introducción al Qiime
» Martes 24 de octubre del 2017
• Teoría:
Metagenómica shotgun: ¿Qué está(n) haciendo? Ensamblaje de metagenomas, binning, caracterización taxonómica y funcional.
• Práctica:
Recuperación de genomas microbianos a partir de metagenomas
» Miércoles 25 de octubre del 2017
• Teoría:
Microbiomas y su impacto en la salud y el ambiente.
• Práctica:
Herramientas online para análisis de metagenomas
» Jueves 26 de octubre del 2017
• Teoría:
Diseño de estudios: metagenómica, RNASeq, construcción de genomas y microarrays. Tecnologías, coverage, limitaciones.
• Práctica:
Programas alternativos en Windows.
Uso del Ugene y Geneious
» Viernes 27 de octubre del 2017
Repaso metodológico
Interpretación y discusión de resultados.
Clausura del evento
M.Sc. Juan Alvaro Loayza Valdivia
Director General de la Dirección de Desarrollo Tecnológico Agrario
FORMATE.PE
